Šaulių kovos veiksmams vadovavo IV (Alytaus) Šaulių lauko štabas (vėliau pertvarkytas į IV Šaulių grupės štabą).
1920 m. spalio 8 d. Alytuje LŠS fronto štabo viršininkas M. Šalčius parašė slaptą operatyvinį įsakymą Nr. 2, skirtą pafrontės šauliams:
„Alytus, 8/X diena 1920 m. 11 val. nakties. Ryliškių, Nemunaičio, Alovės, Nedzingės, Perlojos, Daugų ir Giraitės (Varėnos) šaulių būriams.
Atminimo paminklas Lietuvos Steigiamojo Seimo nario, karininko Antano Matulaičio žūties vietoje Babriškių k. (Varėnos r., Varėnos sen.). 2020 m. liepos 12 d.
Karo aplinkybėms verčiant, įsakau virš minėtiems šaulių būriams, tuojaus stoti pagalbon mūsų kariuomenei, apimant fronto sargybas. Todėl gavus šį įsakymą, būrių vadai tuojaus sušaukia visus savo būrio šaulius su ginklais. Šauliai iš namų pasiima maisto dviem dienom. Šauliai pereina žinion kariškių viršininkų, kurie tose vietose eina fronto sargybą ant demarkacijos linijos ir pildo visus tų viršininkų įsakymus. Eidami sargybas, šauliai daboja, kad neitų per liniją šmugelninkai, šnipai ir kitokis gaivalas. Šaudyti į lenkus, einant sargybas, griežtai draudžiama, kadangi šiame bare yra padarytos paliaubos ir, šovus į lenkus, bus paduota jiems priežastis vėl brautis tolyn į Lietuvą. Todėl griežtai draudžiu ginkluotą susirėmimą be tam tikro atskiro mano įsakymo. Jei lenkai pradėtų spausti, tai trauktis atgal ir kuo greičiausiai pranešti apie tai karo vadui.
Lietuvos kariuomenės leitenantas Antanas Matulaitis
Maistas šauliams bus duodamas karo valdžios. Bus atsiunčiamos pamainos jums. Kitus klausimus šauliai riša su kariškiais vyresniaisiais vietose ir praneša Šaulių štabui į Alytų.
Griežtai draudžiu visokį susinešimą bei broliavimąsi su lenkais. Griežtai draudžiu savo iniciatyva ką nors veikti. Mūsų vadai kont-roliuoja savo šaulius, sargybas einant ir du kart kas dieną, būtent 7 val. rytą ir 7 val. vakare pranešti Šaulių štabui Alytuje apie padėtį fronte, o pasitaikius nepaprastiem atsitikimam, kaip užpuolimui iš lenkų pusės, mūsų sargybų pasitraukimui užpakalin, spaudžiant lenkams iš fronto pusės, – praneša Šaulių štabui tuojaus.
Šaulių sąjungos automobiliu „Dixi“ (1920 m. spalio mėn. pradžioje jį padovanojo Lietuvos garbės konsulas Berlyne Hiršavičius) į Alytaus šaulių skyriaus štabą Pontono kareivinėse atvyko II Šaulių lauko štabo viršininkas ltn. Antanas Matulaitis (sėdi šalia vairuotojo Jono Vaškelio), IV Šaulių lauko štabo viršininko padėjėjas Antanas Žmuidzinavičius ir JAV lietuvis Rapolas Kručas. Alytus, 1920 m. lapkričio 17 d.
Pranešimus siuntinėti per artimiausius kariškius viršininkus, o svarbiausiuose atsitikimuose su pranešimu siųsti raitus ar važiuotus šaulius, imant tam reikalui arklius iš vietos gyventojų.
Šaulių štabas pasilieka Alytuje kareivinėse (kazarmose) prie Merkinės plento, arti apskričio ligoninės.
Mane arba mano pavaduotoją Antaną Žmuidzinavičių visuomet galima rasti štabe.“
1920 m. rugsėjo 29 d. Perlojos partizanai pagal IV Šaulių lauko štabo nurodymus persitvarkė į šaulių būrį, kuris turėjo ir kulkosvaidį. Rugsėjo 29 d. perlojiškis M. Stoškus iš LŠS štabo viršininko M. Šalčiaus Alytuje priėmė 60 rusiškų šautuvų, 6 dėžes šovinių ir 30 rankinių granatų su kapsulėmis Perlojos, Varėnos ir Marcinkonių būrių šauliams, pasižadėdamas: „Imu ant savęs atsakomybę dėl jų išdalinimo, vartojimo ir grąžinimo Šaulių sąjungai“. Už būrio vadą J. Lukoševičių M. Stoškus Alytuje paėmė ginklų ir lapkričio 9 d.: 11 rusiškų, 4 vokiškus ir 1 prancūzišką šautuvą, 560 rusiškų, 120 vokiškų ir 50 prancūziškų šovinių.
Lenkų kareivių apiplėštas Šaulių sąjungos automobilis „Dixi“. Prie autobobilio stovi vairuotojas Jonas Vaškelis. Gardinas, 1920 m. gruodžio mėn.
Perlojos šaulių būrio veikla apėmė ruožą nuo Merkinės iki Valkininkų. 1920 m. rugsėjo–spalio mėn., Lenkijos kariuomenei puolant Varėnos–Perlojos rajoną, Perlojos šaulių būrys saugojo kovų barą su Lietuvos kariuomenės 1-ioju pėstininkų pulku, vėliau su 6-uoju pėstininkų pulku. Apkasuose su dviem kareiviais būdavo vienas šaulys. Perlojos būrio šauliai kariuomenės sudėtyje kovojo iki gruodžio 7 d. Kovose buvo sužeisti Perlojos būrio partizanai: Jonas Jonytis, Andrius Bušniauskas, Andrius Stoškus ir Juozas Stankauskas.
Su 1-ojo pėstininkų pulko 4-ąja kuopa perlojiškiai veikė prie Nočios, iš čia per Rudnią, Zervynas, Mančiagirę, Žiūrus traukė iki Perlojos. 1920 m. spalio 3 d. įvyko kautynės ant Merkio tilto. Į kairįjį Merkio krantą perbėgę 15 šaulių buvo paėmę net priešo kulkosvaidį, bet lenkams atakuojant turėjo jį palikti. Durtuvu sužeistas šaulys J. Jonytis gydėsi Kauno ligoninėje. Spalio 4 d. lenkai puolė ties Burokaraistėle ir Vartavalakiu, bet Lietuvos kariuomenė su šauliais atsilaikė. Spalio 8 d. šauliai apgynė gimtąją Perloją, paimdami į nelaisvę šešis lenkų kareivius. 1920 m. du kartus perlojiškiai vyko į Žiūrus, susišaudė su priešais ir paėmė jų kulkosvaidį. Susprogdino geležinkelio tiltą per Merkį aukščiau I Varėnos; šiose kautynėse trys lenkų kareiviai nukauti, o du sužeisti. Paimtas ir pristatytas į Alytų lenkų lengvasis automobilis. Suimtas nuo Raudonosios armijos karių bėgusių 15 lenkų raitelių. 1920 m. spalio 16 d. Valkininkų kautynėse dalyvavo 18 šaulių iš Perlojos. 1920 m. lenkų kareiviai nukovė perlojiškį Adomą Ankštutį. Spalio mėn. lenkai sustiprino žvalgybą ties Varėna; ieškodami lietuvių partizanų, atliko kratas I Varėnoje.
Perlojos šauliai budėjo ir Babriškėse (Babriškių k. – svarbi plento kryžkelė, esanti 7 km į šiaurę nuo I Varėnos), kai Lenkijos kariuomenės kareiviai čia puolė 1920 m. lapkričio 17 d., 10 km už nustatytos demarkacijos linijos. Mat lenkuojantys vietos gyventojai priešui pranešė apie žymių asmenų atvykimą automobiliu iš Kauno per Alytų. Babriškių k. apsistojo Lietuvos Steigiamojo Seimo narys (1920 m. spalio 22 d. išvykęs į frontą bei paskirtas II (Ukmergės) Šaulių lauko štabo viršininku) ltn. Antanas Matulaitis, IV (Alytaus) Šaulių lauko štabo viršininko padėjėjas A. Žmuidzinavičius ir JAV lietuvis, buvęs karo lakūnas, kinematografininkas Rapolas Kručas, kuris planavo filmuoti bei fotografuoti kovojančius šaulių būrius bei šio krašto gamtos reginius, vietinius gyventojus, jų trobas, kryžius ir kt. Prie IV Šaulių lauko štabo priskirti Lietuvos kariuomenės karininkai Leonas Kybartas ir Mikas Kukutis Babriškių ruože palaikė ryšį ir tvarkė šaulių sargybas. Šių karininkų žinioje buvo apie 20 kareivių ir 50 šaulių. Sargybos būstinė buvo įsikūrusi Babriškių k. ūkininko trobos viename gale – seklyčioje.
Lapkričio 17 d. 21 val. vakare apie 200 raitų ir pėsčių lenkų kareivių įsiveržė į Babriškių k., apšaudydami šaulių sargybos būstinę. Užpuolimo metu ltn. A. Matulaitis ir vyr. ltn. L. Kybartas buvo sunkiai sužeisti. A. Matulaitis mirė lapkričio 20 d. Alytaus ligoninėje (palaidotas Marijampolėje), o L. Kybartas mirė lenkų nelaisvėje lapkričio 30 d. Gardino ligoninėje (gruodžio 7 d. buvo palaidotas Gardino kapinėse, bet vėliau artimieji jį perlaidojo Tauragės kapinėse). Sunkiai sužeisti šaulys Vytautas Lukošius (Šeduvos gimnazijos moksleivis) ir vairuotojas Jonas Vaškelis. Dviem kulkom peršauta ir sužeista namo šeimininkė, jos 19-metė dukra žuvo vietoje, kulkai pataikius į galvą, o 14-metei dukrai kulka peršovė veidą. Į nelaisvę pateko A. Žmuidzinavičius, ltn. M. Kukutis, sužeistieji V. Lukošius, J. Vaškelis bei R. Kručas su automobiliu ir 14 lietuvių kareivių, o dviem Perlojos būrio šauliams pavyko iš nelaisvės pabėgti. Iš kareivių atėmė milines, batus, asmeninius daiktus, net nosines ir šukas. Lenkai į savo gurguolės vežimus susikrovę šaulių lauko telefonus, sprogstamąją medžiagą pirokseliną ir kapsules bei iš gyventojų pagrobtą turtą: drabužius, antklodes ir kt., išsivežė į Varėną. Iš R. Kručo atėmė 4 fotoaparatus bei 500 JAV dolerių. Belaisviai plentu nuvaryti į Varėnos geležinkelio stotį.
Lapkričio 19 d. LŠS štabas Kaune išsiuntė prof. T. Ivanauską, kad jis ištirtų Babriškių k. užpuolimą vietoje. Pastarasis sužinojo, kad apie žymių asmenų iš Kauno atvykimą į Babriškes lenkams pranešusi vietinė lenkuojanti mergina. Tačiau iš dalies įžvelgta ir šaulių sargybos kaltė. Perlojos būrio šauliai Babriškėse veikė neryžtingai, nors turėjo kulkosvaidį ir granatų. Jie aiškinosi, kad užpuolimas buvęs labai netikėtas, bijota šaudyti, nes lenkai troboje laikė suimtus lietuvius, kaip įkaitus. Be perlojiškių, Babriškėse dar buvo Semeliškių (Trakų apskr.) šauliai.
Lapkričio 20 d. A. Žmuidzinavičiui (jis buvo kontūzytas, sumuštas, trijose vietose peršautais drabužiais ir apiplėštas) pavyko pabėgti, nes suprato, kad kaip šaulys gali būti sušaudytas. Pabėgti jam padėjo viena žydų šeima, kurios namuose lenkai buvo uždarę. A. Žmuidzinavičius, perbridęs per Merkį, atvyko į Jakėnus, o vėliau į Alytų. Taip pat pasisekė pabėgti ir ltn. M.Kukučiui. Netrukus Perlojos šauliai, atsikeršydami lenkams, susprogdino geležinkelio tiltą per Merkio upę tarp Varėnos ir Valkininkų.
Gruodžio 20 d. iš Gardino į Alytų grįžo šaulys V. Lukošius bei R. Kručas; atgautas ir automobilis (stiklas išdaužytas, lempos nuplėštos, atsarginės padangos nuimtos, instrumentai ir raktai dingę), nes lenkai nenorėjo nesusipratimų su JAV valdžia dėl šios valstybės piliečio sulaikymo. J. Vaškelis lenkų nelaisvėje išbuvo apie 2 mėn., kol buvo paleistas.
Antanas Matulaitis gimė 1895 m. gruodžio 27 d., Netičkampio kaime, Liudvinavo valsčiuje, Marijampolės apskrityje. 1918 m. baigė evakuotą į Voronežą Marijampolės gimnaziją. Grįžęs į Lietuvą iki 1919 06 15 buvo Marijampolės laikinosios tarybos narys. 1919 m. birželio 15 d. – gruodžio 16 d. mokėsi Karo mokykloje Kaune (baigė II laidą), jam suteiktas leitenanto laipsnis. Buvo paskirtas į I-ojo atsargos bataliono kuopą Marijampolėje.
1920 m. sausio mėn. – gegužės 15 d. dirbo Lietuvos kariuomenės Generalinio štabo, kultūros ir švietimo sekcijos vedėju. 1920 m. gegužės 15 d. išrinktas į Steigiamąjį Seimą. 1920 m. spalio 22 d. Steigiamasis Seimas nutarė laikinai nešaukti plenarinių posėdžių, o savo narius pasiųsti į frontą, centrines ir vietines valdžios įstaigas ir ten organizuoti krašto gynybą. Nuo 1920 m. spalio 22 d. iki 1921 m. sausio 17 d. dirbo Steigiamojo Seimo išrinktas Mažasis Seimas. Steigiamojo Seimo narys A. Matulaitis 1920 m. spalio 22 d. grįžo į Lietuvos kariuomenę, kur tapo Generalinio štabo leitenantu, vėliau II šaulių lauko štabo Ukmergėje viršininku.
Antanas Matulaitis 1920 m. lapkričio 17 d. buvo sunkiai sužeistas mūšio metu. Tą naktį Lenkijos kariuomenės dalys perėjo demarkacinę liniją ir puolė priešakines Lietuvos kariuomenės dalis. Susirėmimas vyko Babriškių kaime (dabar – Varėnos r.), ten leitenantas A. Matulaitis vizitavo ties fronto linija buvusias šaulių sargybas. Sužeistas A. Matulaitis buvo pervežtas į Alytaus karo ligoninę, kur mirė – 1920 m. lapkričio 21 d., o po poros dienų – lapkričio 23 d. velionio palaikai buvo pervežti iš Alytaus ir pašarvoti Marijampolės bažnyčioje. A. Matulaičio laidotuvės įvyko 1920 m. lapkričio 24 d. Marijampolėje. Palaidotas Marijampolės kapinėse.