Ženklas pradėti sukilimą turės būti per radiją skambėsianti Kipro Petrausko įdainuota „Saulelė raudona“. Sovietinių okupantų Alytaus šaulių kuopa buvo likviduota, tačiau buvusio kuopos vado ltn. Benjamino Meškelio pastangomis tos kuopos dalis susitelkė į slaptą šaulių būrelį.
Kpt. Domininkas Jėčys drauge su ltn. B. Meškeliu, ltn. Vladu Šimoliūnu ir vrš. Pranu Valiuliu surinko gausų alytiškių būrį ir laukė signalo. Šauliai pasikeisdami budėjo prie radijo aparato. Išsitraukė paslėptus ginklus. Kpt. D. Jėčio būrys veikė dešiniajame Nemuno krante, ltn. V. Šimoliūno būrys – prie kelio į Kauną, o ltn. B. Meškelio būrys – Artilerijos kareivinių zonoje.
1941 m. birželio 23-osios rytą per Kauno radiją LAF įgaliotinis Leonas Prapuolenis pranešė apie prasidėjusį Tautos sukilimą, perskaitė Nepriklausomybės atkūrimo deklaraciją ir paskelbė apie sudarytą Lietuvos Laikinąją Vyriausybę bei jos narių sąrašą. Policininkai ir tarnautojai buvo pakviesti grįžti į savo darbo vietas, buvusias iki 1940 m. birželio 15 d., atkurti buvusias lietuviškas įstaigas, palaikyti viešąją tvarką. Buvo paskelbta šaulių mobilizacija – šauliai privalėjo nedelsdami atvykti į buvusias savo būrių vadavietes ir prisidėti prie viešosios tvarkos palaikymo. Tą pačią birželio 23-iąją Alytaus gimnazijos mokytojo Mykolo Babiliaus iniciatyva sušauktas vietos lietuvių susirinkimas išrinko Komitetą viešajai tvarkai palaikyti. Komitetas paskyrė laikinai eiti apskrities viršininko pareigas kpt. Stepą Maliauską. Pirmasis besikuriančios lietuvių administracijos potvarkis buvo paskelbtas birželio 23 d. popietę. Jis buvo adresuotas Alytaus miesto visuomenei ir pasirašytas Alytaus mieste turtui saugoti ir tvarkai palaikyti komiteto. Padaugintas rašomąja mašinėle lygiagrečiai lietuvių ir vokiečių kalbomis, jis buvo iškabintas keliose miesto vietose. Miesto gyventojams buvo įsakoma nekelti netvarkos, nenaikinti ir negadinti privačių ir valdiškų pastatų, neplėšti krautuvių ir privačių namų, net neužeiti į savininkų paliktus namus, paimtą svetimą turtą nedelsiant atnešti į pastatą S. Dariaus ir S. Girėno g. 11, nenešioti jokios uniformos ir ženklų bei ginklų, nevaikščioti nuo 21 val. vakaro iki 5 val. ryto, laikrodžius atsukti viena valanda atgal (t. y. Alytuje buvo panaikintas iki tol galiojęs Maskvos laikas), gaudyti plėšikus ir netvarkos kėlėjus arba bent pranešti apie juos minėtu adresu. Potvarkio išleidimo dieną turėjo būti laidojami užmuštieji, tad buvo leista, kas atpažins savuosius, nedelsiant juos pasiimti ir palaidoti. To komiteto būstinė buvo apskrities valdybos rūmuose.
Birželio 23 d. Alytuje komendantūrą ėmėsi organizuoti kpt. D. Jėčys. Apie tai jis liepos 10 d. raporte kariuomenės vadui rašė:
„Vokiečių armijai pradėjus triuškinti bolševikų raudonąją armiją ir š. m. birželio mėn. 22 d. įžengus į Alytų, 23 d. nesant vietoje buvusio Alytaus komendanto pulk. ltn. Basiulio, aš kaipo buvęs tos komendantūros tarnautojas – Rinktinės vado padėjėjas, ėmiausi organizuoti karo komendantūrą Alytuje ir suėjęs į kontaktą su likusiais vietos lietuviais veikėjais, ėmiausi tvarkyti miesto ir kitus visuomeninius reikalus. [...]“
Nors Alytaus šauliai-partizanai ant rankovių ryšėjo pogrindžio nurodytus baltus raiščius, o laikinosios policijos sargybiniai buvo aprūpinti liudijimais vokiečių kalba, vis tiek įvyko didelė tragedija – birželio 23 d. vokiečiai sušaudė ltn. B. Meškelio vadovaujamą 42 šaulių-partizanų būrį, o birželio 24-osios naktį sušaudė aštuonis Alytaus laikinosios policijos nuovados sargybinius ir du partizanus, padėjusius policininkams, taip pat buvo nužudyta apie 300 civilių miesto gyventojų.
Birželio 22 ir 23 d. ltn. B. Meškelio vadovaujamo būrio sukilėliai Alytuje, Kaniūkų tilto prieigose, pateko tarp dviejų kariaujančių priešų: Vokietijos kariuomenės puolančio dalinio ir besitraukiančių iš Alytaus (ir pro Alytų) Varėnos link Raudonosios armijos dalinių. Birželio 23 d. areštuotus sukilėlius ginkluoti GFP (vok. Geheime Feldpolizei – slaptoji lauko policija) kareiviai nuvedė į Nemuno pakrantę ir visus sušaudė. Išsigelbėjo tik vienas vyras – Antanas Merkelis, kuris buvo geras plaukikas. Jis, pastūmęs į šalį artimiausią konvojininką, staiga šoko į Nemuną, pasinėrė ir šiaip taip nusigavo į kitą Nemuno pusę. Kai kurių žuvusiųjų pavardės yra žinomos: būrio vadas ltn. B. Meškelis, viršila P. Valiulis, šauliai Juozas Andriuškevičius, Juozas Laukaitis, Andrius Tamulevičius, Leonas Miglinas, Juozas Pakrosnis… Okupantų vokiečių nužudytieji laikinosios policijos sargybiniai – Jonas Andruškevičius, Rapolas Česynas, Petras Jodauga, Stasys Linkevičius, Antanas Matusevičius, Stasys Mugenis, Juozas Ramanauskas, Juozas Tumasonis; sukilėliai – Vytautas Buinickas, Algirdas Ražaitis ir kt. Sąrašas nebaigtas, kaip neturi pabaigos ir mūsų tėvynės istorija. Sušaudytųjų lavonus vokiečiai ten pat ir paliko. Gavę leidimą, giminės žuvusiųjų kūnus surinko ir palaidojo Alytaus miesto bei Rumbonių k. kapinėse (Alytaus valsč.). B. Meškelį artimieji birželio 24 d. palaidojo Ūdrijos k. kapinėse (Alytaus valsč.). 1942 m. pavasarį B. Meškelis perlaidotas Alytaus Šv. Angelų bažnyčios šventoriuje.
Apie žudynes pirmasis sužinojo kitam sukilėlių būriui vadovavęs ltn. V. Šimoliūnas. Jo draugams pasisekė su vokiečiais išsiaiškinti ir todėl jų nesuėmė, o tik nuginklavo. Ltn. V. Šimoliūnas atvyko į kareivines, bandė aiškintis. Tačiau jam atsakinėjo, kad tie vadai, kurie įsakė sukilėlius suimti, nužygiavo pirmyn nepasirūpinę, kad įsakymas būtų pakeistas. Pasakyti viešai, kad sukilėliai žuvo nuo vokiečių rankos, nebuvo galima. Tiesa, vėliau Vokietijos kariuomenės armijų grupės „Centras“ vadas, generolas Fedoras fon Bokas (vok. Fedor von Bock) per Alytaus miesto komendantą, majorą Kurtą Krečmerį (vok. Kurt Kretschmer) atsiprašė. Jis paaiškino, kad įvyko nesusipratimas. Puolimas buvo staigus. Miestą puolusi kariuomenė su sukilėliais neturėjo ryšio ir nesuprato jų veiksmų. Dalinio, žygiavusio Kaniūkų tilto kryptimi, vadas apie incidentą pranešti neturėjo kada ir generolas apie viską sužinojo pavėluotai. Žadėjo susisiekti su antrosios linijos vadais ir viską išsiaiškinti. Įsakymo šaudyti jis nedavęs. Pasitvirtino teiginys, kad nesvarbu, kokios spalvos okupantas, jis su pavergta tauta visada elgiasi žiauriai.
1941 m. birželio 23 d. Lazdijų apskrityje, Lazdijų valsčiuje, Verstaminų kaime, ties Dubjojos ežerėliu, Raudonosios armijos kareivis iš kulkosvaidžio pradėjo šaudyti į važiuojantį vokiečių automobilį ir nušovė karininką. Vokiečiai surinko 13 Verstaminų k. vyrų, nusivarė juos į Seimeniškių k. ir ten sušaudė. Nuo aklo vokiečių žiaurumo žuvo dar 15 asmenų, kuriuos nušovė Verstaminų k. Dar pirmą karo dieną prie Verstaminų mokyklos susirinkusi grupelė vyrų sudegino komunistų plakatus ir portretus, veiklesni vyrai pradėjo rankioti raudonarmiečių išmėtytus ginklus, kad apsigintų, jei bėgantieji sovietai bandytų griebtis kokio nors smurto. Šitą 15 vyrų būrį užklupo vokiečiai ir, kadangi jie buvo ginkluoti, visus sušaudė. Todėl po karo sovietų valdžia visiškai neminėjo šio nacių įvykdyto nusikaltimo.
Karo pradžioje vokiečių armija puolė labai sparčiai, todėl fronto dalinių užnugaryje likdavo daug išsklaidytų sovietų karių. Tuos paskirus ar pakrikusius būreliais raudonarmiečius gaudė ir naikino vokiečių užfrontės saugumo daliniai. Vienas toks dalinys birželio 24 d. gaudė Lazdijų apskrityje, Šventežerio apylinkėse. Vokiečių kareiviai, priartėję prie Kirceliškės k., pamatė, kad prie sodybų esą būriuojasi ginkluoti vyrai. Vokiečiai ėmė padeginėti ūkininkų sodybas ir šaudyti namuose rastus įtartinus asmenis. Įėję į ūkininko Gylio namus, kareiviai ten rado tris jo sūnus (Antaną, Martyną ir Praną) ir du kaimynų vyrus, kuriuos visus tuojau sušaudė. Iš 13 to kaimo sodybų nesudegintos liko tik dvi. Degančiose sodybose žuvo ir sunkiai sužeisti tų sodybų gyventojai.
Balys Delnickas (g. 1903 m.), gyvenęs Alovės valsčiuje, Raudonosios Alovės kaime, vokiečių kareivių nušautas birželio 23 d., kai vedė vokiečiams perduoti suimtus raudonarmiečius.
Birželio 23 d. Alytaus apskrityje, Daugų miestelyje, vokiečių kariai nušovė 3 pogrindinės „Geležinio Vilko“ organizacijos narius – sukilėlius: Alfonsą Petružį, s. Jokūbo; Vytautą Petružį, s. Gabrio (gyv. Daugų k.) ir Juozą Pūtį (gyv. Dvarčėnų k.). Jų „kaltė“ buvo, kad su gink-lais atėjo sutikti „išvaduotojų“ vokiečių.
Dar vienas šios organizacijos narys Juozas Rūkštelis žuvo birželio 23 d. kovoje su raudonarmiečiais Mikalavo k., prie Pivašiūnų mstl.
Prieš karo pradžią Varėnos vasaros karinėje stovykloje, Raudonosios armijos 29-ajame šaulių teritoriniame korpuse, tarnavo daug lietuvių karių. Didžioji dalis karių, vadovaujami karininkų, sukilo bei apsiginklavo. Likvidavę rusus vadus bei politinius vadovus, birželio 23–24 d. dalyvavo kautynėse prieš raudonarmiečius. Vokiečiams apsupus besikaunančiuosius, dalis lietuvių karių žuvo. Kiti buvo nukauti vokiečių karių, kai mažomis grupelėmis iš Varėnos poligono traukėsi link Alytaus ir Kauno. Birželio 24 d. vokiečiai sulaikė ir patalpino Alytaus internuotųjų stovykloje 26 karininkus bei 399 karius lietuvius.
1941 m. rugpjūčio 20 d. Alovės valsčiaus viršaičio sudarytame „Alovės valsčiaus ribose esančių lietuvių karių kapų“ sąraše pateikta informacija apie žuvusius 8 lietuvius karius:
1. Trys nežinomi lietuviai kariai, žuvę 1941 m. birželio 23 d., palaidoti Meškasalio kaime, Jono Savilionio sklype.
2. Vienas nežinomas lietuvių karys, žuvęs 1941 m. birželio 23 d., palaidotas Kaniūkų kaime, Antano Bakūno sklype.
3. Keturi nežinomi lietuvių kariai, žuvę 1941 m. birželio 23 d., palaidoti Poteronių kaimo kapinėse.
1942 m. birželio 11 d. Alytaus miesto „Karių kapams tvarkyti ir karių lavonams perkelti komisijos“ duomenimis: iš 8 lietuvių karių, žuvusių Alovės valsčiuje, tapatybės nustatytos tik 3 karių. Tai – Janušas, Vincas Jasiulis ir Juozas Kuras. Nurodoma, kad juos 1941 m. birželio 22–25 d. Poteronių kaime nušovė vokiečiai. Kiti kariai taip pat vokiečių nušauti.
1942 m. birželio 11 d. Alytaus miesto „Karių kapams tvarkyti ir karių lavonams perkelti komisijos“ duomenimis Butrimonių valsčiuje žuvo 5 lietuviai kariai:
1. Jonas Ylius, Butrimonių miestelio kolonijoje 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
2. Jonas Račius, Butrimonių valsčiuje 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
3. Nežinomas lietuvių karys, Butrimonių miestelio kolonijoje, Račkio sklype, 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
4. Nežinomas lietuvių karys, Butrimonių miestelio kolonijoje, savivaldybės sklype, 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
5. Nežinomas lietuvių karys, Eičiūnų kaime, Jono Sakavičiaus sklype, 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
Šios komisijos duomenimis, 1941 m. birželio 22–25 d. Jiezno valsčiuje, Pelekonių ir Beniukų kaimuose vokiečiai nušovė po 4 lietuvių karius (iš viso 8 karius).
1942 m. rugsėjo 12 d. Alytaus miesto „Karių kapams tvarkyti ir karių lavonams perkelti komisijos“ duomenimis: 1941 m. birželio 22 d. Daugų miestelio kolonijoje vokiečiai nušovė 2 nežinomus lietuvių karius.
1942 m. birželio 18 d. Alytaus miesto „Karių kapams tvarkyti ir karių lavonams perkelti komisijos“ duomenimis, I Varėnos valsčiuje žuvo 17 lietuvių karių:
1. Antanas Sniečkus, I Varėnoje 1941 m. birželio 22 d. vokiečių nušautas.
2. Juozas Akelaitis, I Varėnoje prie Kartono fabriko 1941 m. birželio 23 d. vokiečių nušautas.
3. Petras Birgiolas, Sanatorijos rajone 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
4. Antanas Blikertas, Naujaulyčio kaime 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
5. Julius Čapskas, Naujaulyčio kaime 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
6. Petras Dapkus, Sanatorijos rajone 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušautas.
7. Du nežinomi lietuvių kariai, Naujaulyčio kaime 1941 m. birželio 24 d. vokiečių nušauti.
8. Trys nežinomi lietuvių kariai, Perlojos bažnytkaimyje 1941 m. birželio 22–25 d. vokiečių nušauti.
9. Du nežinomi lietuvių kariai Žilinėlių kaime, 1941 m. birželio 22–25 d. vokiečių nušauti.
10. Nežinomas lietuvių karys Gliebo ežero rajone, 1941 m. birželio 22–25 d. vokiečių nušautas.
11. Nežinomas lietuvių karys Vazgirdonių kaime, 1941 m. birželio 22–25 d. vokiečių nušautas.
12. Nežinomas lietuvių karys I Varėnos valsčiuje, 1941 m. birželio 22–25 d. vokiečių nušautas.
13. Jonas Juozaitis, Vazgirdonių kaime 1941 m. birželio 25 d. vokiečių nušautas.
1941 m. rugpjūčio mėn. Alytaus apskrities viršininko įstaigos sudarytame „Lietuvių karių, žuvusių karo metu, Alytaus apskrityje“ sąraše nurodyta, kad II Varėnos valsčiuje žuvę:
1. Julius Jankauskas, žuvęs 1941 m. birželio 23 d., palaidotas Vydenių kaimo kapinėse.
2. Nežinomas lietuvių karys, žuvęs 1941 m. birželio 23 d., palaidotas Barčių kaimo kapinėse.
Varėnos apylinkėse buvo nušautas puskarininkis A. Židžiūnas. Nuėjusiam pas atžygiuojančius vokiečius jam buvo liepta eiti į užnugarį. Beeinantis nušautas iš užpakalio. Šitokių beprasmiškai nušautų visoje Lietuvoje buvo gana daug.
1941 m. rudenį rimtai susirūpinta žuvusių karių kapų priežiūra. Alytaus apskrities viršininko įstaigoje sukurta atitinkama komisija. Netoli Alytaus apskrities ligoninės buvo suprojektuotos bendros vokiečių ir lietuvių karių kapinės, vadintos Alytaus Karių kapais. 1941 m. vėlyvą rudenį vokiečiai pradėjo iš laukų ir pakelių rinkti savuosius žuvusius (perkelti 230 karių palaikai). 1942 m. gegužės 21 d. į šias kapines pradėti perkeldinėti žuvusių lietuvių karių palaikai. Nuo 1942 m. gegužės 21 d. iki birželio 10 d. Alytaus miesto „Karių kapams tvarkyti ir karių lavonams perkelti komisijos“ rūpesčiu iš palaidojimo (žuvimo) vietų visoje apskrityje į Alytaus Karių kapus buvo perkelti 38, o liepos mėnesį – dar 7 lietuvių karių (iš viso 45), žuvusių 1941 m. birželio 22-25 d., palaikai.
Dzūkijoje sukilėliai, jų būriai (dauguma būrių susidarė jau karui prasidėjus) veikė Alovėje, Birštone, Butrimonyse, Dauguose, Druskininkuose, Krokialaukyje, Marcinkonyse, Merkinėje, Miroslave, Nedzingėje, Nemunaityje, Punioje, Rudnioje, Seirijuose, Simne, Stakliškėse, Varėnoje, Ūdrijoje. Šiose apylinkėse lietuviams sukilėliams daugiau teko kovoti ne tiek su besitraukiančia Raudonąja armija, kiek su pakrikusiais sovietų kareiviais ir atvykusiais bei vietiniais komunistais, taip pat organizuoti apsaugą ir atkurti lietuvišką administraciją. Spontaniškai prasidėjęs sukilimas buvo nukreiptas prieš besitraukiančią Raudonąją armiją, o sykiu ir prieš vokiečių interesus, nes buvo deklaruotas Nepriklausomybės atkūrimas, Laikinosios Vyriausybės sudarymas.
Sukilėliai gaudė ir izoliavo ginkluotus Raudonosios armijos karius, sovietinius aktyvistus; rinko išmėtytus ginklus, palaikė viešąją tvarką ir užtikrino rimtį visuomenėje, nes policija dar ne visur buvo atsikūrusi; steigė įvairius komitetus valsčiuose, formavo vietinės savivaldos organus, kad perimtų valdžią, nes buvę sovietinės valdžios pareigūnai pabėgo ar pasislėpė.
Varėnos vasaros stovyklos lietuvių karių sukilimo įvykiai istorikų, kraštotyrininkų nuosekliai netyrinėjami. Gal laikomi nevertais, ar nėra svarbūs? Bet istorijoje nereikšmingų įvykių nebūna. Nesidomėjimas lietuvių kovomis menkina mūsų tautos istoriją, neįvertinama garbinga laisvės kovų patirtis.